Na osnovi ugotovljenega vzroka se odločimo o načinu zdravljenja. Zapore semenovodov lahko odpravimo operativno tako, da jih premostimo z mikrokirurško operacijo. Z zdravili lahko pozdravimo aktivna vnetja ali stanja, pri katerih prihaja do pomanjkanja hormonov. Če vzrokov za neplodnost ne najdemo, poskušamo zagotoviti nosečnost, ne da bi s tem bistveno izboljšali kvaliteto semena, s pomočjo postopkov oploditve z biomedicinsko pomočjo.
Metoda neposrednega vnosa semenčice v jajčno celico (ICSI) je ena najpomembnejših metod za zdravljenje moške neplodnosti. Izvajamo jo v primeru slabo kakovostnega semena (malo spermijev, slabo gibljivi spermiji, spermiji spremenjene oblike ali celo spermiji, ki jih dobimo v testisu pri tistih moških, ki jih nimajo v izlivu). V laboratoriju za oploditev z biomedicinsko pomočjo pod posebnim invertnim mikroskopom v vsako jajčno celico vstavimo en spermij. Tako oplojene jajčne celice potem v gojišču za gojenje jajčnih celic inkubiramo v inkubatorju do prenosa zarodka v maternico.
Predstavili bi še najnovejšo metodo neposrednega vnosa izbrane semenčice v jajčno celico (IMSI), ki nam omogoča, da pred izvedbo metode neposrednega vnosa semenčice v jajačno celico pogledamo glave spermijev pri večji, 6000-kratni povečavi. Tako si prikažemo na glavah spermijev strukture, t.i. vakuole, ki jih doslej nismo videli pri 200 do 400-kratni povečavi. Na ta način izberemo optimalno semenčico, ki jo nato vnesemo v jajčno celico.